Sin lugar a duda, una de las joyas ocultas de la iglesia de Santa María es el retablo del altar mayor. Sue se distribuye en banco, tres cuerpos y siete calles. Es obra del pintor hispanoflamenco Fernando Gallego y su discípulo, el Maestro Bartolomé. Pese a no haber noticias de su construcción, los expertos datan el retablo entre 1475 y 1480. En 1545 sufre una remodelación parcial en la que se le incorpora el tabernáculo, se dora y se retira la tabla de la crucifixión para ser trasladada a la sacristía, a día de hoy está desaparecida. En el siglo XVIII se acomete otra intervención para añadir el camarín de la Virgen. Probablemente se eliminó la tabla de la flagelación y se sustituyó por una tabla del siglo XVIII.

Tras el gran terremoto de Lisboa de 1755 la composición se adapta a un modelo barroco y se modifica la distribución original de las tablas perdiendo el sentido lógico de ordenación.

En todos los cuerpos las escenas se interpretan de izquierda a derecha excepto en el segundo, que se lee en sentido inverso. Actualmente, se conservan veinticuatro tablas pintadas originales del siglo XV. La talla de la Asunción original se perdió en la Francesada. El retablo ha sufrido dos procesos de restauración siendo el primero en 1980 y el segundo en 2003. ­De las veinticinco tablas destacamos las atribuidas a Fernando Gallego y al Maestro Bartolomé: el Abrazo en la Puerta Dorada, Nacimiento de la Virgen, Desposorios, Anunciación, San Juan, San Mateo, la Visitación, Nacimiento­ de Cristo, Adoración de los Magos, Presentación en el Templo, San Lucas, San Marcos, Huida a Egipto, Cristo entre los Doctores, Coronación, Dormición y Asunción de la Virgen, San Gregorio y San Agustín.